Los merengues fueron fundados un 12 de junio de 1912 por un grupo de estudiantes de Tegucigalpa, es uno de los fundadores de Liga Nacional y el equipo que más títulos ha ganado.
Su primer título a nivel profesional lo consiguieron en el torneo 1966 cuando bajo el mando de Mario Griffin (QDDG) terminaron primeros de las dos vueltas con 29 puntos.
A partir de ese momento el equipo ha forjado una historia llena de grandes proezas, triunfos y también momentos amargos.
En su palmarés figuran 29 campeonatos de Liga, 3 de Copa, 1 Supercopas de Honduras. En el plano internacional se coronó en Concacaf en 1972 y 1988. Seis Torneos Centroamericanos.
Olimpia es el único club hondureño que ha disputado nueve finales seguidas.
También tiene un tricampeonato y es el único club de Honduras que ha ganado el Tetra: Apertura 2012, Clausura 2012, Apertura 2012 y Clausura 2013.
Su goleador histórico es Wilmer Velásquez quien marcó 196 goles, es seguido por Denilson Costa con 99 y Danilo Tosello con 83.
Olimpia es el único equipo centroamericano que ha vencido al Boca Juniors, fue 2-1 el 17 de mayo de 2006 en San Pedro Sula.
LA ORGANIZACIÓN, LA CLAVE DE SU TRIUNFO
La llegada de Rafael Ferrari a la presidencia blanca en 1987 le dio la institución una estabilidad económica, la organización que debe tener un equipo profesional y esto vino acompañado de título.
Bajo la administración de Ferrari el equipo ha ganado 32 títulos entre Liga, Copa, Centroamericano y Supercopa.