El mediapunta de 21 años llegó procedente del Gil Vicente de la Segunda División de Portugal tras una destacada actuación con goles (6 y tres asistencias) sobre el terreno de juego que acaparó la atención de su nuevo club. Además sumarle a ello los al menos 3.000 minutos que disputó a lo largo de la campaña.
Los detalles del fichaje indican que Jonathan firmó un contrato por tres años con el recién ascendido a LaLiga tras su paso por Portugal.
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Cabe destacar que el oriundo de San Pedro Sula ya estuvo en España. En la temporada 2016-2017 se fue a préstamo al Arandina (Tercera División), no tuvo mucha participación (8 juegos apenas), pero dejó buenas sensaciones.
Por su parte el SD Huesca, nueva casa de Rubio tendrá su primera experiencia en la Primera División tras años de historia futbolística. Los mismos consiguieron su clasificación directa tras quedar en la segunda posición en la Liga 123.